单细胞全长转录组测序（Single-cell Full-length Transcriptome Sequencing，scFL-RNA-seq）是一种在单细胞分辨率下获取完整mRNA转录本的高通量测序技术，能够揭示基因异构体（isoform）表达、可变剪接（alternative splicing）、融合基因（fusion genes）以及非编码RNA（ncRNA）等精细转录调控信息，从而可以提供细胞异质性的高分辨率视图。

近年来，随着三代测序技术（如PacBio SMRT和Oxford Nanopore）的发展，单细胞全长转录组测序克服了传统短读长测序在转录本拼接上的局限性，能够直接捕获完整的RNA分子，从而更准确地解析转录组的复杂性。例如，PacBio的Iso-Seq和Nanopore的Direct RNA测序已被广泛应用于研究细胞异质性、发育轨迹和疾病机制（如癌症、神经退行性疾病）的研究。